针对化肥过量施用造成的水稻土壤退化、品质产量下降、病害频繁等问题，通过微生物组学技术寻找水稻有益微生物类群，利用高通量筛选技术获得有益微生物。根据水稻需肥特征和规律、土壤肥力及生态水平，在微生物-水稻-土壤相互作用机理的指导下研制包含微生物菌剂和中微量元素的菌肥配方，获得可减少化肥用量、改良土壤、保持或提升水稻产量和品质的菌肥（微生物肥料）产品，菌肥（微生物肥料）中有效活菌数≥2亿个/ml，杂菌率＜10%，可减少化肥用量10%以上，提高化肥利用率，并可显著改良土壤，提升水稻品质或产量，从而推进水稻的生态种植，促进农业的可持续化发展。